เทคนิคใหม่สามารถตรวจหาไวรัสในเนื้องอกได้อย่างแม่นยำจากการจัดลำดับขั้นต่อไปทางคลินิก

นักวิจัยได้พัฒนาวิธีการในการตรวจหาไวรัสอย่างแม่นยำจากการจัดลำดับขั้นต่อไปทางคลินิก และอธิบายความเชื่อมโยงระหว่างเนื้องอกและไวรัสที่จำเพาะเจาะจงซึ่งรับประกันให้มีการตรวจสอบเพิ่มเติม ข้อมูลนี้ทำให้มีความเป็นไปได้มากขึ้นในการพิจารณาสถานะไวรัสในโปรโตคอลการรักษา การค้นพบของพวกเขาปรากฏใน วารสารการวินิจฉัยระดับโมเลกุล จัดพิมพ์โดยเอลส์เวียร์

ไวรัสมักถ่ายโอนจากเซลล์ปกติของมนุษย์ไปยังเซลล์มะเร็งในเนื้องอกที่เป็นของแข็ง อย่างไรก็ตาม การตรวจหาไวรัสมีข้อจำกัดในการปฏิบัติทางคลินิกในปัจจุบัน การตรวจคัดกรองไวรัสแบบสากลไม่สามารถทำได้ในทางเทคนิคหรือทางการเงิน เนื่องจากมาตรฐานของเทคนิคการดูแลในปัจจุบันเป็นแบบเดียว มีค่าใช้จ่ายสูง และมีขั้นตอนการทำงานที่ท้าทาย

นักวิจัยได้พัฒนาเทคนิคการลบแบบดิจิทัล ซึ่งจะลบเซลล์จีโนมของมนุษย์ออกจากการวิเคราะห์ลำดับเพื่อระบุการมีอยู่ของ DNA ของไวรัสเป็นกระบวนการประกันคุณภาพ (QA) เทคนิคชีวสารสนเทศนี้ไม่ต้องการการจัดลำดับเพิ่มเติม และการตรวจจับไวรัสสามารถทำได้โดยมีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติมน้อยที่สุด ผลลัพธ์ของพวกเขาเปรียบได้กับวิธีการทางคลินิกมาตรฐานสำหรับการจำแนกไวรัสเนื้องอก

เราตัดสินใจพิจารณาประเภทของเนื้องอกที่มักเกี่ยวข้องกับไวรัส และในเกือบทุกกรณี เครื่องมือ QA ตรวจพบไวรัสที่เราคาดไว้ ด้วยการค้นพบที่ให้กำลังใจนี้ เราจึงตัดสินใจที่จะปรับแต่งวิธีการนี้เป็นไปป์ไลน์การตรวจจับไมโครไบโอม และขยายการวิเคราะห์เพื่อดูว่าวิธีการนี้ทำงานได้ดีเพียงใดในการตรวจหาไวรัสที่เกี่ยวข้องทางคลินิกและค้นพบความสัมพันธ์ระหว่างไวรัสกับเนื้องอกที่ไม่คาดคิด”


Chad M. Vanderbilt, MD, หัวหน้านักวิจัย, Department of Pathology, and Department of Laboratory Medicine, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA

การศึกษานี้เป็นการศึกษาการตรวจหาไวรัสดีเอ็นเอของมนุษย์ในมะเร็งที่ใหญ่และครอบคลุมที่สุด ใช้ข้อมูลที่รวบรวมตั้งแต่มกราคม 2014 ถึงตุลาคม 2020 จาก 48,148 ก้อนเนื้องอกที่จัดลำดับโดยสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาสหรัฐอเมริกา – การทดสอบโปรไฟล์เนื้องอกที่ชัดเจนสำหรับผู้ป่วยที่มีเนื้องอกที่เป็นของแข็งขั้นสูง อัลกอริธึม BLAST (เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งพื้นฐานในพื้นที่) เปรียบเทียบการอ่านลำดับที่ไม่ใช่มนุษย์ (ไม่ได้แมป) ที่มีอยู่ในเนื้องอกเพื่อต่อต้านไวรัสในมนุษย์ทั้งหมดจากฐานข้อมูลไวรัสข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ นักวิจัยได้ตรวจสอบผลลัพธ์ด้วยวิธีการที่หลากหลายสำหรับเนื้องอกและชนิดของไวรัส และพบว่าวิธีการของพวกเขามีความอ่อนไหวในการตรวจหาไวรัส human papillomavirus (HPV) ที่มีความเสี่ยงสูง (HPV) และ Epstein Barre virus (EBV) ที่เปรียบเทียบกันได้ ในที่เกิดเหตุ วิธีการผสมพันธุ์และการขยายพันธุ์

จากนั้นผู้วิจัยได้ขยายการวิเคราะห์เพื่อค้นหาความสัมพันธ์ระหว่างเนื้องอกกับไวรัส ความสัมพันธ์ที่ไม่เคยรายงานมาก่อนระหว่างไวรัสเริมในมนุษย์ (HHV)6 ในนิวโรบลาสโตมาและ HHV7 ในมะเร็งหลอดอาหาร ถูกตรวจสอบโดยใช้ชุดข้อมูลอิสระ พวกเขายังพบความสัมพันธ์ใหม่ระหว่าง HPV42 กับมะเร็งต่อมลูกหมากดิจิทัล เมื่อเปรียบเทียบกับการทดสอบการค้นพบไวรัสตัวเดียวที่ต้องใช้ความพยายาม การเข้าถึงข้อมูลเพื่อการค้นพบโดยการวิเคราะห์ข้อมูลเพียงอย่างเดียวช่วยให้ทรัพยากรต่างๆ ทุ่มเทให้กับการตรวจสอบบทบาทของไวรัสในการเกิดมะเร็งและเพื่อการพิจารณาการบำบัดด้วยข้อมูลไวรัส

นักวิจัยร่วม Anita S. Bowman, MS, Department of Pathology, Memorial กล่าวว่า “ผลการวิจัยของโครงการนี้สนับสนุนความเกี่ยวข้องของการศึกษาบทบาทของไมโครไบโอมในโรค ในขณะที่วิธีที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้สามารถเคลื่อนย้ายไปยังห้องปฏิบัติการขนาดเล็กได้ ศูนย์มะเร็ง Sloan Kettering, นิวยอร์ก, นิวยอร์ก, สหรัฐอเมริกา “ในโลกที่ดำเนินไปอย่างรวดเร็วของเนื้องอกวิทยา การระบุความสัมพันธ์ของไวรัสเนื้องอกอย่างมีประสิทธิภาพช่วยเพิ่มฐานความรู้โดยรวมและอาจนำไปสู่ทางเลือกในการรักษาที่ดีขึ้น ในที่สุด การทำความเข้าใจเกี่ยวกับเนื้องอกหลังจากติดเชื้อไวรัสจะช่วยให้บรรลุเป้าหมายร่วมกันในการช่วยชีวิต “

แหล่งที่มา:

การอ้างอิงวารสาร:

แวนเดอร์บิลต์, CM, และคณะ (2022) การกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างไวรัสกับเนื้องอกของ DNA ใหม่และความสัมพันธ์ของจีโนมโดยใช้เนื้องอกทางคลินิกที่คาดหวัง/ข้อมูลการจัดลำดับการจับคู่ปกติ วารสารการวินิจฉัยระดับโมเลกุล. doi.org/10.1016/j.jmoldx.2022.01.011.

.

(Visited 1 times, 1 visits today)

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*