การศึกษาระบุสองสายเลือด Omicron ใหม่ที่เกี่ยวข้องกับการฟื้นตัวของการติดเชื้อในแอฟริกาใต้

ในการศึกษาล่าสุดที่โพสต์ไปที่ medRxiv* เซิร์ฟเวอร์การพิมพ์ล่วงหน้า นักวิจัยประเมินการเกิดขึ้นและวิวัฒนาการของโรคทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรง coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ตัวแปรโอไมครอนในแอฟริกาใต้

การศึกษา: การเกิดขึ้นและวิวัฒนาการอย่างต่อเนื่องของ Omicron ในแอฟริกาใต้: เชื้อสาย BA.4 และ BA.5 ใหม่  เครดิตภาพ: Viacheslav Lopatin/Shutterstock
การศึกษา: การเกิดขึ้นและวิวัฒนาการอย่างต่อเนื่องของ Omicron ในแอฟริกาใต้: เชื้อสาย BA.4 และ BA.5 ใหม่ เครดิตภาพ: Viacheslav Lopatin/Shutterstock

ภายในเดือนมกราคม พ.ศ. 2565 มีรายงานว่าตัวแปรย่อย SARS-COV-2 Omicron BA.2 เป็นสาเหตุที่แพร่หลายของการติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (COVID-19) ในแอฟริกาใต้ อย่างไรก็ตาม การฟื้นคืนชีพล่าสุดในผู้ป่วย SARS-CoV-2, การเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาล และการเสียชีวิตไม่เกี่ยวข้องกับตัวแปรย่อย BA.2

การศึกษาและผลลัพธ์

ในการศึกษานี้ นักวิจัยได้ระบุสายเลือด Omicron SARS-CoV-2 Omicron ที่แปลกใหม่ 2 สายพันธุ์ที่กำหนด BA.4 และ BA.5

ทีมงานพบว่า BA.4 และ BA.5 มีความแตกต่างจากเชื้อสาย Omicron อื่นอย่างมีนัยสำคัญโดยใช้วิธีการสายวิวัฒนาการแบบเบย์ กำเนิดของ บธ.4 และ บธ.5 คาดว่าจะมีขึ้นในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2565 และมกราคม พ.ศ. 2565 ตามลำดับ การวิเคราะห์ Phylogeographic ชี้ให้เห็นว่า BA.4 กระจายจาก Limpopo ไปยัง Gauteng และกระจายไปยังจังหวัดอื่น ๆ ในภายหลัง ในขณะที่ BA.5 กระจายจาก Gauteng ไปยัง KwaZulu-Natal ไปยังจังหวัดอื่น

ทีมงานพบว่าในขณะที่ BA.4 และ BA.5 มีโปรตีนแหลมที่คล้ายคลึงกัน แต่โปรตีนเหล่านี้เทียบได้กับ BA.2 มากที่สุด เมื่อเปรียบเทียบกับ BA.2 เชื้อสาย BA.4 และ BA.5 มีการกลายพันธุ์เพิ่มเติมบนสไปค์โปรตีน นอกเหนือจากการกลายพันธุ์แบบสไปค์ BA.4 มีการเปลี่ยนแปลงที่ open reading frame (ORF)-7b:L11F และ N:P151S พร้อมกับการลบกรดอะมิโนสามตัวใน NSP1:141-143del ในขณะที่ BA.5 มีการกลายพันธุ์ M:D3N . เมื่อเทียบกับ BA.2 เชื้อสาย BA.5 ยังมีการพลิกกลับเพิ่มเติมที่ตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ 26858 และ 27259 รวมทั้งที่ ORF6:D61

นอกจากนี้ BA.4 และ BA.5 มีการกลายพันธุ์ nuc:G12160A ในโปรตีนที่ไม่มีโครงสร้าง (NSP)-8 ที่พบในตัวแปรเอปซิลอน (B.1.429) ของ SARS-CoV และถูกสังเกตพบใน BA.2 ด้วย ในบางสถานที่ ทีมงานยังพบว่าสายเลือด BA.4 และ BA.5 มีรูปแบบการกลายพันธุ์ที่เหมือนกับบริเวณจีโนม 5′ ในโปรตีนซองจดหมาย SARS-CoV-2 แต่แสดงความแตกต่างที่โดดเด่นจากบริเวณจีโนม 3 ‘ใน SARS-CoV-2 โปรตีนเมมเบรน สิ่งนี้บ่งชี้ว่า BA.4 และ BA.5 อาจเชื่อมโยงซึ่งกันและกันผ่านทางเหตุการณ์ลูกผสมที่มีจุดพักระหว่างเยื่อหุ้มเซลล์และยีนของซองจดหมาย

ทีมงานตั้งข้อสังเกตว่าการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนขัดขวางที่ตำแหน่ง 452, 486 และ 493 อาจส่งผลต่อการจับกับแอนติบอดีและเอ็นไซม์-2 ที่ทำให้เกิด angiotensin-converting ของมนุษย์ (hACE2) การกลายพันธุ์ L452R ในเรซิดิวกรดอะมิโนที่ 452 สัมพันธ์กับสัมพรรคภาพที่ดีขึ้นต่อการจับรีเซพเตอร์ ซึ่งส่งผลให้เกิดการติดเชื้อเพิ่มขึ้น การกลายพันธุ์ L452R นี้ยังพบได้ในแวเรียนต์ SARS-CoV-2 Delta, Kappa และ Epsilon นอกจากนี้ การกลายพันธุ์ที่ 452 มีความสัมพันธ์กับการลดลงของการทำให้เป็นกลางโดยโมโนโคลนัลแอนติบอดีรวมทั้งพอลิโคลนอลซีรา

การวิเคราะห์การคัดเลือกที่เน้นที่อัตราส่วนของอัตราการแทนที่แบบพ้องและไม่ตรงกันในแต่ละโคดอนพบว่า S:486 กำลังพัฒนาภายใต้การคัดเลือกเชิงลบที่สนับสนุนสถานะ F นั่นคือกรดอะมิโนที่มีอยู่ในสายพันธุ์ธรรมชาติ SARS-CoV-2 . เมื่อกรดอะมิโนสไปค์ F486 จับกับ hACE2 มันทำปฏิกิริยากับเรซิดิว L79, M82 และ Y83 ที่พบใน hACE2 ทีมงานยังพบว่าการกลายพันธุ์ของ F486 เกี่ยวข้องกับการลดลงของกิจกรรมการทำให้เป็นกลางโดยการทำให้แอนติบอดีเป็นกลางและโดย polyclonal sera นอกจากนี้ การสแกนหาการกลายพันธุ์ยังระบุว่า F486 เป็นตำแหน่งหลักสำหรับการหลีกเลี่ยงแอนติบอดีที่มุ่งเป้าไปยังโดเมนการจับตัวรับ (RBD) ที่เกิดจากวัคซีนหรือการติดเชื้อ

ทีมงานได้ทำปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสเชิงปริมาณ (qPCR) เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของความล้มเหลวของเป้าหมายยีน S (SGTF) สำหรับการระบุเชื้อสาย BA.4 หรือ BA.5 ในตัวอย่าง ซึ่งทำได้โดยการรวบรวมตัวอย่างที่ไม่ได้เลือก 296 ตัวอย่าง ระหว่างวันที่ 6 มกราคม ถึง 3 เมษายน พ.ศ. 2565 ในกลุ่มตัวอย่างที่แปรรูป 66 ตัวอย่างติดเชื้อ BA.4 หรือ BA.5 มี 9 ตัวอย่างที่ติดเชื้อ BA.1 ในขณะที่ 2 ตัวอย่างติดเชื้อ BA.2 . ไม่มีตัวอย่าง BA.4 และ BA.5 ใดให้ผลบวกสำหรับ SGTF บน qPCR ซึ่งบ่งชี้ว่าสามารถใช้ SGTF เพื่อกำหนดหาตัวอย่าง BA.4 และ BA.5 เฉพาะในบริเวณที่มีความชุกของ BA.1 ต่ำเท่านั้น

BA.4 และ BA.5 ได้รับการยืนยันในเจ็ดจังหวัดของแอฟริกาใต้ระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2022 ถึง 20 เมษายน 2022 BA.4 ได้รับการระบุในกลุ่มตัวอย่างจำนวนน้อยในภูมิภาคใกล้เคียงของบอตสวานา ยุโรป และสหรัฐอเมริกา ในขณะที่ BA.4 ได้รับการยืนยันแล้ว .5 ตรวจพบในบางส่วนของยุโรป สหรัฐอเมริกา และฮ่องกง ทีมงานประมาณการว่า BA.4 และ BA.5 มีการเติบโตรายวันที่ 0.08 และ 0.12 ตามลำดับ

บทสรุป

โดยรวมแล้ว ผลการศึกษาพบว่านักวิจัยระบุสายย่อย SARS-CoV-2 Omicron ใหม่ 2 ชนิด ได้แก่ BA.4 และ BA.5 ซึ่งมีหน้าที่ในการฟื้นตัวของการติดเชื้อ COVID-19 ในแอฟริกาใต้ นักวิจัยเชื่อว่าผลการศึกษาชี้ให้เห็นถึงความจำเป็นในการเฝ้าติดตามจีโนมของไวรัสที่เกิดขึ้นใหม่ทั่วโลกอย่างต่อเนื่องเพื่อกำหนดลักษณะการวิวัฒนาการอย่างต่อเนื่องของ SARS-CoV-2

*ประกาศสำคัญ

medRxiv ตีพิมพ์รายงานทางวิทยาศาสตร์เบื้องต้นที่ไม่ได้รับการทบทวนโดยเพื่อน ดังนั้น ไม่ควรถือเป็นข้อสรุป แนวทางการปฏิบัติทางคลินิก/พฤติกรรมที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพ หรือถือว่าเป็นข้อมูลที่เป็นที่ยอมรับ

.

(Visited 1 times, 1 visits today)

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*