ความบกพร่องทางพันธุกรรมต่อโรคมะเร็งในผู้คนจากบรรพบุรุษที่แตกต่างกันในกาตาร์: การศึกษาตามประชากรตามรุ่น

พื้นหลัง

ความเหลื่อมล้ำในความเสี่ยงทางพันธุกรรมของโรคมะเร็งในกลุ่มบรรพบุรุษและกลุ่มประชากรต่างๆ ยังคงมีการกำหนดไว้ไม่ดี ความท้าทายนี้รุนแรงยิ่งขึ้นสำหรับประชากรในตะวันออกกลาง ซึ่งข้อมูลจีโนมที่ไม่เพียงพออาจส่งผลต่อศักยภาพทางคลินิกของการทำโปรไฟล์ความเสี่ยงทางพันธุกรรมของมะเร็ง เราใช้ข้อมูลจากกลุ่มประชากรตามรุ่นระยะที่ 1 ของโครงการ Qatar Genome เพื่อตรวจสอบความแปรปรวนทางพันธุกรรมในยีนที่ไวต่อการเกิดมะเร็งในประชากรกาตาร์

วิธีการ

โครงการจีโนมของกาตาร์สร้างการจัดลำดับจีโนมที่มีความครอบคลุมสูงในตัวอย่างดีเอ็นเอที่รวบรวมจากชาวกาตาร์ 6142 คน โดยแบ่งออกเป็นกลุ่มบรรพบุรุษที่แตกต่างกัน 6 กลุ่ม ได้แก่ อาหรับทั่วไป เปอร์เซีย คาบสมุทรอาหรับ ส่วนผสมผสมอาหรับ แอฟริกา และเอเชียใต้ ในการศึกษาตามกลุ่มประชากรนี้ เราประเมินประสิทธิภาพของคะแนนความเสี่ยงโพลิเจนิกสำหรับมะเร็งที่พบบ่อยที่สุดในกาตาร์ (มะเร็งเต้านม ต่อมลูกหมาก และมะเร็งลำไส้ใหญ่) คะแนนความเสี่ยงด้าน Polygenic ได้รับการฝึกอบรมในชุดข้อมูล Cancer Genome Atlas (TCGA) และการกระจายของพวกเขาถูกนำไปใช้กับกลุ่มบรรพบุรุษทางพันธุกรรมที่แตกต่างกัน 6 กลุ่มของประชากรกาตาร์ มีการวิเคราะห์ตัวแปรที่เป็นอันตรายที่หายากภายใน 1,218 ยีนที่ไวต่อการเกิดมะเร็ง และการประเมินการเกิดโรคทางคลินิกของพวกมันได้รับการประเมินโดย ClinVar และเครื่องมือคำนวณของ CharGer

ผลการวิจัย

กลุ่มประชากรตามรุ่นในการศึกษานี้ได้รับคัดเลือกโดย Qatar Biobank ระหว่างวันที่ 11 ธันวาคม 2555 ถึง 9 มิถุนายน 2559 ชุดข้อมูลเริ่มต้นประกอบด้วยผู้เข้าร่วมตามรุ่นรุ่น 6218 และการกรองการควบคุมคุณภาพการจัดลำดับจีโนมทั้งหมดนำไปสู่ชุดข้อมูลสุดท้ายจำนวน 6142 ตัวอย่าง การวิเคราะห์คะแนนความเสี่ยงด้านโพลีจีนิกของมะเร็งที่พบบ่อยที่สุดในกาตาร์แสดงให้เห็นความแตกต่างที่มีนัยสำคัญระหว่างกลุ่มบรรพบุรุษทั้ง 6 กลุ่ม (p<0·0001) ชาวกาตาร์ที่มีบรรพบุรุษมาจากคาบสมุทรอาหรับมีค่าเฉลี่ยคะแนนความเสี่ยงด้านโพลีจีนิกต่ำที่สุดสำหรับมะเร็งลำไส้ใหญ่ (-0·41) และผู้ที่มาจากบรรพบุรุษแอฟริกันมีค่าเฉลี่ยสูงสุดสำหรับมะเร็งต่อมลูกหมาก (0·85) การวิเคราะห์ตัวแปรที่หายากของยีนมะเร็งระบุ 76 กาตาริส (1·2% ของ 6142 บุคคลในกลุ่มโครงการจีโนมของกาตาร์) ที่มี ClinVar ที่ทำให้เกิดโรคหรือตัวแปรที่ทำให้เกิดโรคในยีนมะเร็งที่ดำเนินการได้ทางคลินิก การวิเคราะห์ตัวแปรโดยใช้ CharGer ระบุพาหะพาหะ 195 ราย (3·17% ของกลุ่มประชากรตามรุ่น) ตัวแปรก่อโรคมะเร็งเต้านมมีตัวแทนมากเกินไปในกาตาร์ที่มีต้นกำเนิดจากเปอร์เซีย (22 [56·4%] จาก 39 BRCA1/BRCA2 สายการบินที่แตกต่างกัน) และไม่มีอยู่ในแหล่งกำเนิดของคาบสมุทรอาหรับอย่างสมบูรณ์

การตีความ

เราสังเกตเห็นความแตกต่างในระดับสูงสำหรับยีนจูงใจมะเร็งและคะแนนความเสี่ยงด้านโพลีเจนิกข้ามบรรพบุรุษในประชากรกลุ่มนี้จากกาตาร์ ระบบการแบ่งชั้นสามารถนำมาพิจารณาเพื่อดำเนินโครงการยาป้องกันมะเร็งแห่งชาติได้

เงินทุน

มูลนิธิกาตาร์

(Visited 1 times, 1 visits today)

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*