ข้อผิดพลาดในลำดับพันธุกรรมทำลายการศึกษาหลายร้อยครั้ง

การวิเคราะห์โดยใช้คอมพิวเตอร์ช่วยเอกสารพันธุศาสตร์มนุษย์เกือบ 12,000 ชิ้นพบการศึกษามากกว่า 700 ชิ้นที่มีข้อผิดพลาดในลำดับ DNA หรือ RNA ของรีเอเจนต์ในการทดลอง1. นั่นเป็น “ปัญหาของสัดส่วนที่น่าตกใจ” เพราะมันแสดงให้เห็นว่าการศึกษาเกี่ยวกับยีนของมนุษย์บางส่วนที่น่ากังวลนั้นไม่น่าเชื่อถือ ทีมที่ทำการวิเคราะห์นำโดยนักวิจัยโรคมะเร็งเจนนิเฟอร์เบิร์นจากมหาวิทยาลัยซิดนีย์ในออสเตรเลียกล่าว ข้อผิดพลาดอาจเกิดขึ้นโดยบังเอิญ แต่นักวิจัยสงสัยว่าบางครั้งอาจชี้ไปที่การฉ้อโกง

เบิร์นพบข้อผิดพลาดในการวิจัยทางพันธุกรรมมาตั้งแต่ปี 2015 เมื่อเธอพบข้อบกพร่องในเอกสาร 5 ฉบับที่รายงานการทดลองทั่วไป นั่นคือ การใช้ดีเอ็นเอช่วงสั้นๆ เพื่อยับยั้งยีนในเซลล์มะเร็ง การศึกษารายงานลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่ถูกต้องสำหรับการทดลองที่พวกเขาอ้างว่าทำ นั่นไม่ใช่ปัญหาเดียวของเอกสาร ซึ่งใช้ภาษาและตัวเลขที่คล้ายคลึงกัน Byrne สงสัยว่าเป็นผลิตภัณฑ์ของโรงงานกระดาษ ซึ่งบริษัทบุคคลที่สามผลิตกระดาษตามสั่ง สี่คนถูกถอนออกไปแล้ว

เบิร์นยังคงค้นหาเอกสารที่มีข้อผิดพลาดคล้ายกันต่อไป2. ภายในปี 2560 เธอได้ร่วมมือกับนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ Cyril Labbé ที่มหาวิทยาลัย Grenoble Alpes ในฝรั่งเศสเพื่อสร้างซอฟต์แวร์ชื่อ Seek & Blastn ซึ่งระบุถึงข้อผิดพลาดที่อาจเกิดขึ้น มันแยกลำดับนิวคลีโอไทด์สั้น ๆ จากเอกสารและเปรียบเทียบกับบลาสต์น์ ฐานข้อมูลสาธารณะของนิวคลีโอไทด์ เพื่อตรวจสอบว่าตรงกับยีนมนุษย์ที่พวกมันควรจะกำหนดเป้าหมายหรือไม่ นักวิจัยตรวจสอบการไม่ตรงกันแต่ละรายการด้วยตนเอง

เพื่อวัดขอบเขตของปัญหา ทีมงานได้คัดกรองบทความในวารสารสองฉบับที่พวกเขารู้ว่าเคยตีพิมพ์ผลงานที่มีข้อบกพร่อง: ยีน (โดยทีมงานตรวจสอบเอกสารต้นฉบับทั้งหมด 7,400 ฉบับที่ตีพิมพ์ตั้งแต่ปี 2550 ถึงปี 2561) และ รายงานเนื้องอกวิทยา (เอกสารเปิดการเข้าถึงทั้งหมด 3,800 ฉบับที่เผยแพร่ระหว่างปี 2014 ถึง 2018) หลังจากตรวจสอบด้วยตนเองแล้ว ประมาณ 12% ของเอกสารที่เช็คอิน รายงานเนื้องอกวิทยา กลับกลายเป็นว่ามีข้อบกพร่องลำดับนิวคลีโอไทด์ ใน ยีนตัวเลขเป็นเพียง 2%.

กำหนดเป้าหมายการค้นหา

เบิร์นและกลุ่มของเธอยังเลือกสาขาย่อยของพันธุศาสตร์มะเร็งสามสาขาที่พวกเขาเคยพบปัญหา: เอกสารเกี่ยวกับผลกระทบของ microRNA ชนิดใดชนิดหนึ่ง (สายเล็ก ๆ ของ RNA) ในเซลล์มะเร็ง; เอกสารการรายงานการใช้ยาซิสพลาตินหรือเจมซิตาไบน์กับเซลล์มะเร็งหรือในผู้ป่วยมะเร็ง และเอกสารที่รายงานผลของการขจัดกิจกรรมของยีน 17 ตัวเพื่อกำหนดหน้าที่ของยีนในเซลล์มะเร็ง ทีมงานพบว่ามากกว่า 25% ของเอกสารประมาณ 600 ฉบับที่ศึกษาในสาขาย่อยเหล่านี้มีข้อผิดพลาดเกี่ยวกับลำดับนิวคลีโอไทด์

ภาพเหมือนของเจนนิเฟอร์ เบิร์น

เจนนิเฟอร์ เบิร์น.เครดิต: Stefanie Zingsheim / มหาวิทยาลัยซิดนีย์

นักวิจัยกล่าวว่าเอกสารทั้งหมด 712 ฉบับ หรือประมาณ 6% ของการตรวจคัดกรองทั้งหมด มีข้อผิดพลาดในลำดับของรีเอเจนต์ของนิวคลีโอไทด์ นักวิจัยกล่าวในการพิมพ์ล่วงหน้าที่โพสต์บน bioRxiv เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม1. การศึกษาเหล่านี้ปรากฏในวารสาร 78 ฉบับ และมีการอ้างถึงทั้งหมดมากกว่า 17,000 ครั้ง (การศึกษาจำนวน 29 ชิ้นปรากฏในวารสารที่ตีพิมพ์โดย Springer Nature ซึ่งระบุว่าจะทำการตรวจสอบเอกสารที่เป็นปัญหา ธรรมชาติทีมข่าวของบรรณาธิการเป็นอิสระจากผู้จัดพิมพ์) มีเพียง 11 จาก 712 งานศึกษาที่ถูกเพิกถอน และ 3 มีการแสดงออกถึงความกังวล Byrne กล่าวว่าทีมของเธอได้ส่งอีเมลถึงบรรณาธิการในวารสารหรือสำนักพิมพ์ที่เกี่ยวข้องทั้งหมดซึ่งมีรายละเอียดการติดต่อที่พวกเขาสามารถหาได้ และบางคนได้ตอบกลับเพื่อบอกว่าพวกเขาจะตรวจสอบเอกสารดังกล่าว

หัวหน้าบรรณาธิการของ รายงานเนื้องอกวิทยานักไวรัสวิทยา Demetrios Spandidos บอกกับ ธรรมชาติ ว่าเขาได้รับการติดต่อจากเบิร์น แต่ยังไม่มีเวลามากพอที่จะประเมินข้อมูลทั้งหมดที่อธิบายไว้ในต้นฉบับ หัวหน้าบรรณาธิการของ ยีนนักชีววิทยาโมเลกุล Andre Van Wijnen ไม่ตอบสนองต่อ ธรรมชาติขอความคิดเห็น.

ผิดพลาดตรงใหน?

ปัญหาบางอย่างอาจเป็นข้อผิดพลาดโดยไม่ได้ตั้งใจ Byrne กล่าว แต่เธอกล่าวว่า นักวิจัยพบความไม่ถูกต้องหลายอย่างซึ่งเป็นข้อผิดพลาดที่น่าเชื่อถือน้อยกว่า เช่น รีเอเจนต์ PCR (ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส) ซึ่งควรจะขยาย DNA ซึ่งไม่ได้กำหนดเป้าหมายไปที่ยีนหรือลำดับที่รู้จักของมนุษย์

นักวิจัยเขียนว่า “อัตราที่สูงอย่างไม่อาจยอมรับได้ของเอกสารเกี่ยวกับการทำงานของยีนของมนุษย์ที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่ถูกต้องซึ่งเราค้นพบนั้นเป็นความท้าทายที่สำคัญในด้านการวิจัยที่มีจุดมุ่งหมายเพื่อแปลการลงทุนด้านจีโนมให้กับผู้ป่วย” อย่างดีที่สุด มันเสียเวลาของนักวิทยาศาสตร์ที่พยายามติดตามการศึกษาดังกล่าว ที่เลวร้ายที่สุด เอกสารอาจถูกปลอมแปลงและสาขาย่อยของการวิจัยอาจไม่น่าเชื่อถือ

เอกสารที่มีปัญหาจำนวนมากที่ถูกตั้งค่าสถานะไว้ในการวิเคราะห์มีผู้เขียนร่วมกับโรงพยาบาลในจีน นักสืบคนอื่นๆ ได้ผูกเอกสารจากผู้เขียนในสถาบันเหล่านี้กับโรงงานกระดาษที่เป็นไปได้ และการศึกษาดังกล่าวหลายร้อยรายการได้ถูกยกเลิกในปีที่ผ่านมา Byrne สงสัยว่าเอกสารบางฉบับที่ทีมของเธอเห็นอาจมาจากโรงงานกระดาษด้วย

เนื่องจากทีมของ Byrne เลือกเอกสารชุดย่อยออกมา จึงไม่ชัดเจนว่าการค้นพบนี้เป็นตัวแทนของวรรณคดีพันธุศาสตร์โดยรวมหรือไม่ Olavo Amaral นักวิจัยที่ศึกษาความสามารถในการทำซ้ำและแง่มุมอื่น ๆ ของการปฏิบัติทางวิทยาศาสตร์ที่ Federal University of Rio de Janeiro ใน บราซิล. แต่เป็นการเตือนถึงปัญหาที่ต้องแก้ไข “เมื่อพิจารณาว่าข้อผิดพลาดดังกล่าวสามารถตรวจพบได้โดยเครื่องมืออัตโนมัติ ฉันคิดว่าสิ่งนี้พูดถึงความจริงที่ว่าการตรวจสอบโดยเพื่อนร่วมงานปกติทำงานได้ไม่ดีนักในการระบุข้อผิดพลาดที่ตรวจพบง่าย ซึ่งสามารถจัดการได้ดีขึ้นด้วยรูปแบบการควบคุมคุณภาพที่เป็นระบบมากขึ้น” อมรัลกล่าว

Xihong Lin นักชีวสถิติจากมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดในเมืองเคมบริดจ์ รัฐแมสซาชูเซตส์ กล่าวว่า “งานนี้เรียกร้องให้มีการพัฒนามาตรฐานชุมชนและแนวทางปฏิบัติที่ดี เพื่อให้แน่ใจว่ามีการวิจัยเกี่ยวกับฟังก์ชันยีนคุณภาพสูงและเชื่อถือได้”

วารสารบางฉบับ (รวมถึง ยีน) ได้แนะนำบรรณาธิการแล้วว่าสามารถใช้ Seek & Blastn เพื่อตรวจสอบข้อผิดพลาดในลำดับนิวคลีโอไทด์ในต้นฉบับที่ส่งมาได้ Byrne กล่าว เธอต้องการที่จะเห็นที่ดำเนินการต่อ “เรากำลังใช้ Seek & Blastn ในการคัดกรองวารสารใหม่ๆ อย่างต่อเนื่อง และผลลัพธ์บางส่วนก็น่าตกใจยิ่งกว่าเดิม” เธอกล่าว

(Visited 1 times, 1 visits today)

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*