ความชุกทั่วโลกและความหลากหลายทางชาติพันธุ์ของยีนแปรผันเลนส์ปรับเลนส์ปฐมภูมิ: การวิเคราะห์ฐานข้อมูลทางพันธุกรรม

พื้นหลัง

Primary ciliary dyskinesia (PCD) เป็นโรคที่เกิดจากการติดเชื้อที่ปอด การถ่ายทอดทางพันธุกรรมมักมีลักษณะด้อยแบบ autosomal โดยมีโลคัสที่กว้างขวางและอัลลีลิกต่างกัน ความชุกไม่แน่นอน การศึกษาทางพันธุกรรมส่วนใหญ่ได้ทำในอเมริกาเหนือหรือยุโรป จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือการประเมินความชุกทั่วโลกและความแตกต่างทางชาติพันธุ์ของ PCD

วิธีการ

เราคำนวณความถี่อัลลีลของตัวแปรที่ก่อให้เกิดโรคในยีน PCD 29 ยีนที่เกี่ยวข้องกับการถ่ายทอดทางพันธุกรรมแบบถอยอัตโนมัติใน 182 681 บุคคลที่ไม่ซ้ำกันเพื่อประเมินความชุกของ PCD ทั่วโลกในเจ็ดเชื้อชาติ (แอฟริกันหรือแอฟริกันอเมริกัน, ลาติน, อาซเกนาซียิว, ฟินแลนด์, ไม่ใช่ฟินแลนด์ ยุโรป เอเชียตะวันออก และเอเชียใต้) เราเริ่มต้นด้วยการรวบรวมตัวแปรที่ได้รับการตีความโดย Invitae, San Francisco, CA, USA ซึ่งเป็นห้องปฏิบัติการทางพันธุศาสตร์ที่มีความเชี่ยวชาญด้าน PCD จากนั้นเราหาความถี่อัลลีลของตัวแปรแต่ละตัว (ทำให้เกิดโรค มีแนวโน้มจะทำให้เกิดโรค หรือตัวแปรที่มีนัยสำคัญไม่แน่นอน
[VUS]) ในฐานข้อมูลการรวมกลุ่มของจีโนม (gnomAD) ซึ่งเป็นฐานข้อมูลการจัดลำดับยุคหน้าที่เผยแพร่ต่อสาธารณะซึ่งรวบรวมข้อมูลการจัดลำดับของจีโนมและจีโนมจากโครงการขนาดใหญ่ที่หลากหลายและแบ่งชั้นการนับอัลลีลตามเชื้อชาติ ด้วยการใช้สมการสมดุล Hardy–Weinberg เราสามารถคำนวณความชุกของ PCD ระดับล่างสุดสำหรับแต่ละชาติพันธุ์โดยรวมเฉพาะตัวแปรที่ทำให้เกิดโรคและมีแนวโน้มว่าจะทำให้เกิดโรค และความชุกระดับบนรวมทั้ง VUS ด้วย แนวทางนี้คล้ายกับงานก่อนหน้าของ Li-Fraumeni (TP53 ตัวแปร) ความชุก เราไม่ได้วินิจฉัย PCD แต่กำลังประเมินความชุกตามตัวแปรที่รู้จัก

ผลการวิจัย

ความชุกของ PCD ขั้นต่ำโดยรวมทั่วโลกมีการคำนวณอย่างน้อยหนึ่งใน 7554 บุคคล แม้ว่าจะดูถูกดูแคลนเนื่องจากตัวแปรบางตัวที่จัดอยู่ในประเภท VUS ในปัจจุบันอาจเป็นสาเหตุของโรค และอาจตรวจไม่พบตัวแปรก่อโรคบางตัวโดยวิธีการของเรา ในกลุ่มประชากรตามรุ่นโดยรวม สามารถรวมข้อมูล Invitae สำหรับตัวแปรที่ไม่มีข้อมูล gnomAD สำหรับชาติพันธุ์หลัก เมื่อใช้เฉพาะความถี่อัลลีลของ gnomAD ในการคำนวณความชุกในแต่ละชาติพันธุ์ ความชุกของ PCD โดยประมาณจะลดลงในแต่ละชาติพันธุ์เมื่อเทียบกับกลุ่มประชากรตามรุ่นโดยรวม ทั้งนี้เนื่องจากกลุ่มประชากรตามรุ่นโดยรวมมีข้อมูลเพิ่มเติมจากฐานข้อมูล Invitae เช่น ตัวแปรหมายเลขคัดลอกและตัวแปรอื่นๆ ที่ไม่มีอยู่ใน gnomAD ด้วย gnomAD เราพบว่าความถี่ PCD ที่คาดหวังจะสูงกว่าในบุคคลที่มีเชื้อสายแอฟริกันมากกว่าในประชากรอื่นๆ ส่วนใหญ่ (ยกเว้น VUS: 1 ใน 9906 ในแอฟริกันหรือแอฟริกันอเมริกัน เทียบกับ 1 ใน 10 388 ในยุโรปที่ไม่ใช่ฟินแลนด์ เทียบกับ 1 ใน 14 606 ทางตะวันออก เอเชีย vs 1 ใน 16 309 ในภาษาลาติน รวมถึง VUS: 1 ใน 106 ในแอฟริกันหรือแอฟริกันอเมริกัน vs 1 ใน 178 ในยุโรปที่ไม่ใช่ฟินแลนด์ vs 1 ใน 196 ในภาษาลาติน vs 1 ใน 188 ในเอเชียตะวันออก) นอกจากนี้ เราพบว่ายีน 5 อันดับแรกที่เกี่ยวข้องกันมากที่สุดใน PCD นั้นแตกต่างกันไปตามกลุ่มชาติพันธุ์และผลการวิจัยที่ตีพิมพ์โดยทั่วไปที่เปรียบเทียบกัน

การตีความ

PCD ดูเหมือนจะเป็นเรื่องธรรมดามากกว่าที่ได้รับการยอมรับ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในบุคคลที่มีเชื้อสายแอฟริกัน เราระบุการกระจายยีนที่แตกต่างจากการศึกษาในยุโรปและอเมริกาเหนือครั้งก่อน ผลลัพธ์เหล่านี้อาจมีผลกระทบระหว่างประเทศต่อการระบุกรณี วิธีการวิเคราะห์ของเราสามารถขยายได้เมื่อมีการระบุตำแหน่ง PCD มากขึ้น และสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อศึกษาความชุกของโรคที่สืบทอดมาอื่นๆ

เงินทุน

ไม่มี.

(Visited 1 times, 1 visits today)

Be the first to comment

Leave a comment

Your email address will not be published.


*